《闪乱神乐：少女们的证明》的故事设定在一个现代忍者依旧存在的世界。政府为了对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”，成立了培养“善忍”的“国立半藏学院”等忍校。而“学炎祭”作为忍校代代相传、关乎学校存亡的决战在平成年代复苏，4大势力合计20名少女们胸怀不同信念，加入到这场激烈战斗当中，展开了一场忍者少女们的热血纷争。